新生儿科成立于1993年(疆内最早),是集临床、教学、科研和保健为一体的综合科室，是国家级新生儿围产医学专培基地之一，国家儿童医学中心新生儿专科联盟，中国新生儿协作网(CHNN) 组织成员之一，自治区级危重新生儿救治中心。

新生儿科现有重症监护病房(NICU) 和无陪护新生儿病房两个病区，NICU为Ⅲ级B等以上标准。现病房有医师15名，其中博士研究生5人、硕士10人，博士研究生导师2人、硕士研究生导师3人，主任医师5名，副主任医师2名，护师/士42名，科室医护人员层次梯队完整，学历高，专业素质强，是一支训练有素的专业技术队伍。

目前科室住院病人以急危重症、疑难病、早产儿为主，对极/超低出生体重儿的救治积累了丰富的经验，成功救治最小胎龄25周、最低体重650g超低出生体重儿。尤其在高频振荡呼吸机的使用上，是全国开展时间最早、使用时间最长，国内处于先进水平。多年来科室已建立起一套较为完善的新生儿疾病的诊疗护理，并开辟绿色通道，接诊来自全疆各地州急危重症及疑难杂症患儿，使新生儿的综合救治水平在全疆处于领先地位。

科室科研实力雄厚，主持国家自然科学基金项目5项，自治区自然科学基金项目5项；参与全国多中心研究项目10余项。积极参编国家级教材，发表SCl论文及国家级核心期刊论文100余篇。