临床医学研究院前身为2000年成立的新疆医科大学第一附属医院中心实验室，2007年整合新疆医科大学第一附属医院动物中心成立医学研究中心，2010年经批准成立新疆医科大学临床医学研究院，下设科研基地科、转化医学管理科和综合办公室。

临床医学研究院在大学及医院党委的领导下，依托国家级与自治区级重点实验室，聚焦主责主业，坚持以党建为引领，统筹推进疫情防控、安全稳定、科学研究、科研服务、成果转化、重点实验室建设、精准医学中心工作等，着力提升科技创新能力、科研服务能力和成果转化能力。

临床医学研究院拥有一支高素质的创新人才队伍，现有人员39人，其中一线研究及技术支撑人员35人，其中高级职称20人，拥有国务院特贴专家2人、自治区天山学者特聘教授1人、自治区天山雪松计划获得者1人、自治区天山英才工程第二层次培养人选1人、自治区青年科技创新人才培养工程3人、自治区万人计划后备人选1人、自治区第三层次人才培养计划3人，自治区天山创新团队2个。

临床医学研究院现有实验室面积7200平方米，仪器设备878台，拥有分子生物学技术平台、细胞生物学技术平台、流式细胞分析技术平台、病理技术平台、激光共聚焦显微分析技术平台、生物样本库等公共技术支撑平台。

临床医学研究院致力于临床与基础相融合的生命科学前沿研究，近三年获得国家自然科学基金23项，累计科研经费1345.4万元。以第一/通讯作者（含并列）发表高水平论文74篇，其中Hepatology 2篇。

临床医学研究院作为新疆医科大学第一附属医院的科研基地，与我校省部共建中亚高发病成因与防治国家重点实验室深度融合发展，为新疆包虫病基础医学重点实验室、新疆心血管病研究重点实验室、新疆医学动物模型研究重点实验室、新疆心电生理与心脏重塑重点实验室、新疆代谢性疾病重点实验室（新疆普通高校重点实验室）等提供优质的科研服务和平台支撑。